牙周病的主要致病因素是细菌，因此选用合适的抗生素，可杀灭侵入牙周袋组织内的微生物。常用的抗菌药物有如下几类：
(1)甲硝唑(灭滴灵)：是目前治疗厌氧菌感染的首选药物，对牙周炎有很好疗效。它常与四环素、红霉素、螺旋霉素配合使用，疗效更佳。一般一次0.2克，每日3～4次，7～10日为1个疗程。妊娠及哺乳期妇女禁用。
(2)螺旋霉素：为大环内酯类抗生素，进入血液循环后，主要分布在龈沟液、唾液、牙龈和颌骨中，能有效抑菌，对牙周急性炎症、牙周溢脓、出血者疗效优佳。一般每次口服0.2克，每日4次，连服5～7日为1个疗程。疗效可维持3～6个月。
(3)四环素族药物：为广谱抗生素，它进入人体后，分布较广，对骨组织亲和力大，对多种牙周致病菌均有抑制作用。常用药物有四环素、多西霉素和米诺霉素，口服四环素每次250毫克，每日4次，2周为1个疗程。或口服米诺霉素每日200毫克，2周为1个疗程。
(4)羟氨苄青霉素(阿莫西林)：为半合成的广谱抗生素，与甲硝唑合用治疗局限型青少年牙周炎和快速进展性牙周炎疗效好，还可用于急性牙周脓肿切开引流后的辅助治疗。口服每次500毫克，每日3次，饭后服，7日为1个疗程。
(5)罗红霉素：是新一代大环内酯类抗生素，用于急性牙周脓肿效果好。口服每次0.15克，每日2次。
抗生素如合理使用，可产生良好的临床疗效，但应避免滥用。牙龈炎和轻、中度的成人牙周炎不应该使用抗生素；用药前或用药的同时应清除菌斑、牙石，使抗生素作用于残余的细菌，起辅助治疗的作用。
