口腔黏膜病的病因和发病机制较为复杂，多数尚未完全明确，且除少数类型和局部因素如口腔黏膜受创伤、刺激等有关外，大多与全身因素相关。

与人随着年龄增长，口腔免疫力下降的生理缺陷有关，成年人由于成长激素的分泌减少，口腔对于维生素的吸收能力反而不及儿童生长期。

口腔溃疡属于多基因遗传病，若父母发病情况较为严重，子女遗传上的可能性大。尤其上了年纪的老人家，身体容易出现胃肠功能紊乱，体内缺乏铁、锌等微量元素，睡眠不好导致精神紧张，劳累或感冒时，都会诱发口腔溃疡。